Prognóza ochorenia Sclerosis multiplex (SM) je individuálna, a teda u každého pacienta rôzna. Samotná diagnóza ešte nemusí znamenať pripútanie na invalidný vozík v priebehu kátkeho času. U mnohých pacientov je ochorenie benígne a prejavuje sa len miernymi neurologickými príznakmi bez výraznejšej progresie. Vyšší vek (35 rokov) môže byť predpokladom miernejšieho priebehu ochorenia, nemusí tomu tak však byť vždy. K prognóze sa najlepšie môže vyjadriť lekár (neurológ, imunológ), ktorý pozná podrobne pacientov zdravotný stav. V prvom štádiu, resp. po prvom ataku ochorenia nie vždy je možné stanoviť definitívnu diagnózu, a často až čas ukáže o aké ochorenie sa jedná. V diferenciálnej diagnostike je potrebné odlíšiť najmä neuroboreliózu (boreliózu) prenášanú kliešťom, ktorá môže mať podobný priebeh ako aj výsledky laboratórnych vyšetrení - toto ochorenie sa dá liečiť antibiotikami.